ZOOM Lite

Descripción

ZOOM Lite es un software de visualización y mapeo de datos de secuenciación de próxima generación. Los usuarios ingresan genomas de referencia y archivos de lectura corta de Illumina/Solexa o el espacio de color AB SOLiD lee archivos en varios formatos, como * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta, etc. ZOOM genera los resultados de mapeo de estos lee en la secuencia de referencia. ZOOM Lite tiene un núcleo de mapeo rápido y preciso basado en una teoría de semillas espaciadas múltiples de nuevo diseño. Se pueden manejar lecturas tanto de un solo extremo como de pares de varias longitudes, desde 15 pb hasta 240 pb. Se permite cualquier número de desajustes y una inserción/supresión de varias longitudes entre la lectura y su región objetivo en la secuencia de referencia. Los resultados mapeados de forma única o los mejores resultados (N superiores) para cada lectura se informarán de acuerdo con los desajustes mínimos y la longitud de indel. Se utilizan puntuaciones de calidad para mejorar la precisión de los mapas. Basado en el kernel de mapeo, ZOOM Lite permite a los usuarios cargar datos de lectura local y datos de secuencia de referencia, seleccionar los parámetros adecuados, procesar datos de alto volumen en paralelo entre hasta cuatro CPU, monitorear las tareas en ejecución, almacenar los resultados de mapeo, ver los gráficos de los resultados del mapeo y los resultados del mapeo de salida en formatos de archivo * .BED o * .GFF para su posterior levantamiento con la información de seguimiento del navegador UCSC. Los resultados del mapeo se pueden ver en cualquier escala deseada, desde el gráfico de profundidad de lectura sobre un cromosoma completo hasta alineaciones de secuencia detalladas entre lecturas y la secuencia de referencia. Los usuarios navegan fácilmente a las regiones de interés simplemente haciendo clic y arrastrando o desplazándose. ZOOM Lite es un derivado del software ZOOM Studio.