RAPTOR

Descripción

RAPTOR es un software innovador diseñado para la predicción precisa de la estructura de proteínas. Combina herramientas de análisis avanzadas en una solución de software integrada y proporciona tres métodos de subprocesamiento diferentes. El enfoque de optimización de programación de enteros único de RAPTOR es más efectivo para encontrar plantillas de estructura de objetivos con homología de secuencia baja y es capaz de generar modelos de alta calidad. La interfaz fácil de usar y los valores E fáciles de entender son ideales para principiantes y expertos. Sobre todo, la visualización intuitiva del resultado permite a los usuarios comprender los resultados de un vistazo. Dada una secuencia de proteína diana, si hay una proteína homóloga con estructura 3D conocida, se puede encontrar utilizando herramientas de búsqueda de secuencias como PSI-BLAST, también proporcionadas en RAPTOR. Luego, la estructura del objetivo se construye a partir de la estructura conocida; sin embargo, cuando la homología de secuencia no es significativa, es decir, menos del 25%, PSI-BLAST no puede dar un resultado seguro. A diferencia de PSI-BLAST, que simplemente realiza una búsqueda de secuencia, el enhebrado de proteínas, el reconocimiento de pliegues, utiliza tanto la información de homología como de estructura. Escanea la secuencia de la proteína con una estructura desconocida contra una base de datos de estructuras conocidas. Utilizando una función de puntuación y realizando análisis de compatibilidad entre estructuras tridimensionales y secuencias de proteínas lineales, se identificará la mejor plantilla estructural a partir de la cual construir la estructura de la secuencia. Como resultado, el enhebrado de proteínas proporciona una predicción superior que el modelado de homología cuando existe una homología de secuencia marginal.