FlexS

Descripción

FlexS predice la conformación y orientación de uno de los ligandos en relación con el otro. En FlexS, se supone que el ligando de referencia es rígido, por lo que debe darse en una conformación similar al estado ligado. El algoritmo de superposición en FlexS requiere solo una pequeña intervención manual. Puede integrar este conocimiento en los cálculos con FlexS realizando pasos individuales manualmente. Por lo tanto, FlexS está diseñado para el trabajo interactivo en pares de ligandos, así como para la detección virtual basada en ligandos. Las dos aplicaciones principales de FlexS son el superposicionamiento de ligandos (p. ej., para CoMFA/QSAR) y el cribado virtual. Si tiene una proteína y una molécula pequeña que se une a ella (el llamado ligando de referencia) pero no tiene estructura de la proteína, puede tomar la estructura de referencia como una huella dactilar negativa del sitio activo. FlexS determina la similitud entre la prueba y la estructura de referencia alineándolas. En la detección virtual, tiene un ligando de referencia y un conjunto de compuestos y está interesado en priorizar los compuestos para las pruebas experimentales.