QuasiRecomb

Descripción

QuasiRecomb es una aplicación liviana que se ejecuta en la consola de comandos y simula un modelo de Markov para generar cuasiespecies virales. Describe la generación de la cuasiespecie viral y un método para inferir sus parámetros mediante el análisis de datos de secuenciación de próxima generación. El modelo se valida con datos simulados, mostrando la ventaja de tener en cuenta explícitamente el proceso de recombinación, y se prueba aplicándolo a lecturas obtenidas de muestras experimentales de VIH. Ofrece una implementación del algoritmo EM para encontrar estimaciones máximas a posteriori de los parámetros del modelo y un método para estimar la distribución de cepas virales en las cuasiespecies.